Covid-19, differenza tra variante e ceppo virale

Sempre più insistentemente stanno circolando notizie su nuove varianti del virus Sars-CoV-2.

Ce n’è una dal Regno Unito, che sembra essere circa il 56% più trasmissibile rispetto ai suoi predecessori e sta prendendo d’assalto gli Stati Uniti. Ce n’è una dal Sud Africa, che si sta dimostrando abile nell’eludere i nostri nuovissimi vaccini COVID-19. Un’altra dal Brasile sembra avere una straordinaria capacità di reinfettare le persone che sono già sopravvissute a un attacco di COVID-19.

Spesso, purtroppo, la terminologia usata nei mezzi di comunicazione non è tanto appropriata e contribuisce a creare confusione nella gente, trasformandosi in paura “quando un fenomeno naturale e atteso può diventare una notizia”, come nel caso delle varianti del virus Sars-CoV-2.

Cerchiamo di capire quale sia la differenza tra una variante del virus e un ceppo virale. Ma prima di procedere è opportuno avere alcune brevi ed essenziali informazioni di genetica di base per comprendere cos’è una mutazione.

“Gli esseri umani condividono un genoma comune che varia da persona a persona. Queste differenze spiegano la nostra variazione di altezza, colore dei capelli e altri tratti, ciò che gli scienziati chiamano fenotipo.

Allo stesso modo, i coronavirus SARS-CoV-2 condividono un genoma che sembra leggermente diverso da campione a campione. Ogni volta che un virus crea copie di se stesso, una o più lettere nel genoma possono essere scritte in modo errato. I coronavirus sono abbastanza bravi nella correzione di bozze, ma gli errori continuano a passare. È così che nascono le mutazioni genetiche, ed è tutto perfettamente normale.

Se una mutazione rende più difficile la replicazione del virus – ad esempio, se si traduce in un cambiamento fisico che ostacola la sua capacità di entrare in una cellula ospite – quel virus morirà e porterà con sé la mutazione. D’altra parte, se una mutazione conferisce al virus un vantaggio competitivo, si diffonderà più rapidamente dei suoi rivali.

In un articolo del 2013 sulla rivista Archives of Virology un gruppo di scienziati ha spiegato come si definiscono i membri della famiglia Filoviridae, che include i virus Ebola e Marburg: “Non è chiaro come distinguere le loro singole sottoclassi (ceppi, varianti genetiche, genotipi, mutanti, ecc.), principalmente a causa della mancanza di definizioni per questi termini e dell’assenza di linee guida generalmente applicabili per l’assegnazione di virus a loro.“

La distinzione tra una variante e un ceppo dipende dal fatto che il virus in questione si comporti in modo distinto, secondo il dottor Adam Lauring, che studia l’evoluzione dei virus a RNA all’Università del Michigan, ed Emma Hodcroft, esperta di filogenetica virale presso l’Università di Berna in Svizzera.

“I genomi che differiscono nella sequenza sono spesso chiamati varianti“, hanno spiegato Lauring e Hodcroft nel Journal of the American Medical Assn. “A rigor di termini, una variante è un ceppo quando ha un fenotipo dimostrabilmente diverso.“

In altre parole, un particolare campione di coronavirus può contenere una o più mutazioni che mancano a un altro campione. Se non vi è alcuna differenza funzionale rilevabile, è solo una variante. Tuttavia, se tali mutazioni rendono il campione più trasmissibile rispetto ai suoi predecessori, o lo dotano di un’ulteriore capacità di eludere un farmaco o un vaccino, o lo alterano in un altro modo significativo, allora si qualifica come un ceppo distinto.

I due termini sono stati scambiati in modo intercambiabile, soprattutto da coloro che sono diventati virologi da poltrona nel corso della pandemia. Ma non sono sinonimi. “Le distinzioni sono importanti“, hanno scritto Lauring e Hodcroft.

Un’altra definizione di ceppo viene da Nancy R. Gough, una scienziata ed editrice che spiega il mondo biologico sul suo sito web, Bioserendipity. Nel suo racconto, una variante virale che diventa dominante nella sua popolazione guadagna il diritto di essere chiamata una varietà. Non importa se quel dominio è stato raggiunto attraverso una genetica superiore o per caso, aggiunge.

Con queste misure, il virus del Sud Africa si qualifica come un ceppo perché la sua risposta – o la sua mancanza – ai vaccini COVID-19 lo distingue dalle altre versioni di SARS-CoV-2. Il suo comportamento è così singolare che i ricercatori di vaccini stanno progettando colpi di richiamo per mirarlo.

Anche il coronavirus del Regno Unito conta come un ceppo perché si diffonde più rapidamente di altre varianti. Infatti, i ricercatori dei Centri statunitensi per il controllo e la prevenzione delle malattie hanno previsto che il virus del Regno Unito si sta diffondendo così rapidamente che è sulla buona strada per diventare la “variante predominante degli Stati Uniti a marzo“.

Se ciò accade, sarà due volte uno sforzo.”

Fonte: Karen Kaplan – Los Angeles Times 4 febbraio 2021

 
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What is the difference between a variant and a strain?

News about new variants of the Sars-CoV-2 virus is increasingly circulating.

There is one from the UK which appears to be around 56% more transmissible than its predecessors and is taking the US by storm.

There is one from South Africa who is proving adept at evading our brand new COVID-19 vaccines. Another from Brazil appears to have an extraordinary ability to reinfect people who have already survived a COVID-19 attack. Unfortunately, the terminology used in the media is often not so appropriate and contributes to confusion in people, turning into fear “when a natural and expected phenomenon can become news”, as in the case of the variants of the Sars-CoV virus. 2. Let’s try to understand what the difference is between a variant of the virus and a viral strain. But before proceeding, it is advisable to have some brief and essential basic genetic information to understand what a mutation is.

“Humans share a common genome that varies from person to person. These differences explain our variation in height, hair color, and other traits – what scientists call a phenotype.

Likewise, SARS-CoV-2 coronaviruses share a genome that appears slightly different from sample to sample.

Whenever a virus makes copies of itself, one or more letters in the genome can be misspelled. Coronaviruses are pretty good at proofreading, but mistakes keep passing. This is how genetic mutations arise, and it’s all perfectly normal.

If a mutation makes it more difficult for the virus to replicate – for example, if it results in a physical change that hinders its ability to enter a host cell – that virus will die and carry the mutation with it. On the other hand, if a mutation gives the virus a competitive advantage, it will spread faster than its rivals.

In a 2013 article in the journal Archives of Virology, a group of scientists explained how members of the Filoviridae family, which includes the Ebola and Marburg viruses, define themselves:

“It is not clear how to distinguish their individual subclasses (strains, genetic variants, genotypes, mutants, etc.), mainly due to the lack of definitions for these terms and the absence of generally applicable guidelines for assigning viruses to their.”

The distinction between a variant and a strain depends on whether the virus in question behaves distinctly, according to Dr. Adam Lauring, who studies the evolution of RNA viruses at the University of Michigan, and Emma Hodcroft, a phylogenetic expert. viral at the University of Bern in Switzerland.

“Genomes that differ in sequence are often called variants,” Lauring and Hodcroft explained in the Journal of the American Medical Assn. “Strictly speaking, a variant is a strain when it has a demonstrably different phenotype.”

In other words, a particular coronavirus sample may contain one or more mutations that are missing from another sample. If there is no detectable functional difference, it is just a variant.

However, if such mutations make the sample more transmissible than its predecessors, or endow it with an additional ability to evade a drug or vaccine, or alter it in another significant way, then it qualifies as a distinct strain.

The two terms have been exchanged interchangeably, especially by those who became armchair virologists over the course of the pandemic. But they are not synonymous.

“The distinctions are important,” Lauring and Hodcroft wrote.

Another definition of strain comes from Nancy R. Gough, a scientist and editor who explains the biological world on her website, Bioserendipity. In his tale, a viral variant that becomes dominant in its population earns the right to be called a variety.

It doesn’t matter if that dominance was achieved through superior genetics or by chance, he adds.

With these measures, the South African virus qualifies as a strain because its response – or lack thereof – to COVID-19 vaccines sets it apart from other versions of SARS-CoV-2. Its behavior is so unique that vaccine researchers are designing booster shots to target it.

The UK coronavirus also counts as a strain because it spreads faster than other variants. Indeed, researchers from the US Centers for Disease Control and Prevention have predicted that the UK virus is spreading so rapidly that it is on track to become the “predominant US variant in March”.

If that happens, it will be twice as much effort. “